Die E-Klasse der Kunugigaoka-Mittelschule tun ihr Bestes, um ihren Lehrer zu töten. Doch dieser ist ein ernst zu nehmender Gegner.
Tomohito Sugino will Koro-sensei mithilfe seiner Baseball-Kenntnisse ausschalten. Doch so einfach lässt sich der Lehrer nicht austricksen.
Ein neuer Schüler namens Karma Akabane wechselt nach einem Schulverweis in die E-Klasse. Er hasst alle Lehrer und versucht sofort, Koro-sensei umzubringen.
Die Schule begrüßt eine neue ausländische Sprachlehrerin namens Irina Jelavic. Wie sich herausstellt, ist sie gekommen, um Koro-sensei aus dem Weg zu räumen.
Die eher zurückhaltende Manami Okura versucht, Koro-sensei zu vergiften, und scheitert. Doch Koro-sensei möchte Giftstoffe mit ihr erforschen. Eine Versammlung steht an.
Die Zwischenprüfungen stehen bevor. Die E-Klasse steht aufgrund der unterschiedlichen Ansichten von Asano und Koro-sensei über die Leitung der Schule unter Leistungsdruck.
Die Klassenfahrt nach Kyoto bietet eine neue Chance, Koro-sensei mithilfe eines Scharfschützen der Regierung, jedoch ohne die Hilfe gewisser Delinquenten, zu töten.
Während des Ausflugs nach Kyoto soll ein Scharfschütze Koro-sensei durch seine gezielte Platzierung an bestimmten Orten töten, was sich jedoch als schwierig erweist.
Eine neue Schülerin aus Norwegen namens Autonomous Intelligence Fixed Artillery trifft ein, die nicht davon absehen will, ihre Waffen im Unterricht abzufeuern.
Irina Jelavic möchte ihrem einstigen Mentor zeigen, dass sie das Zeug dazu hat, Koro-sensei zu töten. Karma und Nagisa reisen mit ihrer Lehrkraft nach Hawaii.
Ein weiterer neuer Schüler namens Itona trifft ein und gibt sich als Koro-senseis Bruder aus, was ein hitziges Duell zwischen den beiden zur Folge hat.
Die E-Klasse muss ein Spiel gegen die Baseball-AG der Schule bestreiten. Sugino ist entschlossen, seine Ex-Teammitglieder zu schlagen, und Koro-sensei möchte helfen.
Ein scheinbar gutmütiger Mitarbeiter des Verteidigungsministeriums namens Karasuma ist der neue Sportlehrer der Klasse. Schon bald erkennen die Schüler sein wahres Ich.
Mithilfe von Shiro und Itona schmiedet der Schultyrann Terasaka einen Plan, um dafür zu sorgen, dass Koro-sensei im neuen Schwimmbecken ertrinkt.
Koro-sensei lässt verlauten, dass die Schüler, die bei den kommenden Prüfungen am besten abschneiden, eine seiner Tentakeln abschießen dürfen.
Koro-sensei bietet allen Schülern der E-Klasse, die in ihren Abschlussprüfungen gut abschneiden, eine Belohnung. Die A-Klasse plant derweil eine Gegenmaßnahme.
Lovro bringt den Schülern verschiedene Tötungsmethoden bei. Die Sommerferien wollen sie in einem Insel-Resort verbringen.
Der Mordkomplott beginnt mit einem privaten Film, der Koro-sensei blamieren soll. Doch nicht nur die E-Klasse hat Pläne geschmiedet.
Einige Schüler schleusen sich ins Hotel ein, wo sie es bei dem Versuch, ihren infizierten Mitschülern zu helfen, mit professionellen Auftragskillern zu tun bekommen.
Karma will sich durch einen cleveren Trick eines Henkers entledigen. Die Mädchen und Nagisa versuchen indessen, durch die Lounge zur nächsten Tür zu gelangen.
Mithilfe von Koro-sensei stoßen die Schüler bis auf das Dach vor, wo sie die Identität des Drahtziehers entdecken.
Während des Duells profitiert Nagisa von Lovros Lektionen und bekommt von Terasaka weise Ratschläge. Als alles vorüber ist, erhält die E-Klasse überraschende Neuigkeiten.
Die Klassenfahrt der E-Klasse auf die Insel ist fast vorbei. Koro-sensei möchte seine Schüler durch eine Mutprobe verkuppeln.
Kaede schmiedet den Plan, Koro-sensei mit einem riesigen explosiven Pudding zu töten und versammelt dafür die gesamte Klasse hinter sich.
Koro-sensei wird erneut von Itona angegriffen, kann ihn jedoch leicht abwehren. Seine Implantate versagen. Als er von Shiro verlassen wird, dreht Itona durch.
Itona baut mithilfe seiner technischen Fähigkeiten einen ferngesteuerten Panzer für einen Angriff auf Koro-sensei. Die Jungs wollen damit jedoch Mädchen nachstellen.
Asano erfährt vom Teilzeitjob des Klassensprechers Isogai und droht damit, ihn zu melden; es sei denn, die E-Klasse kann die A-Klasse beim Sportfestival bezwingen.
Beim Parcours-Training der E-Klasse wird eine Vorschullehrkraft verletzt. Zur Strafe dürfen sie nicht für ihre Prüfungen lernen und müssen in der Vorschule aushelfen.
Die Schüler arrangieren, dass Karasuma Irina zum Geburtstag Blumen schenkt. Doch nach einer Beleidigung von Karasuma kommt Irina nicht mehr zur Schule.
Karasuma und Koro-sensei wollen die Schüler retten, doch Koro-sensei wird vom Todesgott eingesperrt. Nun müssen Karasuma und Irina eine Entscheidung treffen.
Zeit für die Karriereplanung! Nagisa zieht eine Karriere als Auftragsmörder in Betracht. Seine Mutter möchte ihn indes aus der 9E herausnehmen.
Das Schulfest der Kunugigaoka-Schule ist ein Wettstreit um Gewinne. Die E-Klasse verkauft Essen mit Zutaten vom Berg, doch die A-Klasse zieht alle Register.
Die Abschlussprüfungen stehen vor der Tür und der Rektor bringt die A-Klasse durch Gehirnwäsche dazu, die E-Klasse zu hassen. Gakushu spornt die E-Klasse an.
In der Abschlussprüfung konkurrieren Karma und Gakushu um eine Lösung für eine schwierige Matheaufgabe. Dann werden die Ergebnisse verkündet.
Koro-sensei vereitelt Rektor Asanos Mordabsichten. Nun bleiben Asano nur noch das letzte Lehrbuch und die Gedanken über seine Karriere als Lehrkraft.
Kaede greift Koro-sensei beim Putzen des Schuppens an und enthüllt eine überraschende Verbindung zu Aguri Yukimura, einer ehemaligen Lehrerin der E-Klasse.
Mit einer unkonventionellen Taktik möchte Nagisa auf Kaede Einfluss nehmen, was Shiros Aufmerksamkeit erregt und Koro-sensei die Zeit gibt, sie zu retten.
Während ihrer Gefangenschaft in Yanagisawas Labor kamen sich der Todesgott und Aguri Yukimura sehr nahe. Dann zerstörte Yanagisawa den Mond.
Nagisa möchte Koro-sensei retten, doch die Klasse kann sich nicht einigen. Koro-sensei schlägt vor, die Meinungsverschiedenheit durch eine Paintball-Partie zu lösen.
Karma und Nagisa sind die letzten beiden verbleibenden Spieler im Paintball-Match. Für die Entscheidung fordert Karma Nagisa zu einem Zweikampf auf.
Mithilfe ihrer Mitschüler schleichen sich Nagisa, Karma und Ritsu in die Rakete mit Kurs auf die internationale Raumstation, um Koro-senseis Daten zu finden.
Die Aufnahmeprüfungen für die Highschool und der Valentinstag stehen vor der Tür. Sakura denkt nach einem Gespräch mit Nagisa über eine Karriere als Pädagoge nach.
Koro-sensei möchte mit seinen eigenen Fotos ein Jahrbuch der E-Klasse erstellen. Da die Zeit drängt, spricht Nagisa mit Koro-sensei über die Arbeit als Lehrer.
Es bleiben noch drei Stunden, bis der orbitale Anti-Tentakel-Laser einsatzbereit ist. Die Schüler starten eine verzweifelte Mission, um Koro-sensei zu retten.
Koro-sensei wird weiterhin vom Reaper und Yanagisawa angegriffen. Als Yanagisawa die Schüler ins Visier nimmt, versucht Karasuma einzuschreiten.
Kaede lebt noch, aber Koro-sensei ist stark geschwächt. Er äußert den Schülern gegenüber einen letzten Wunsch, dem die E-Klasse jedoch möglicherweise nicht nachkommt.
Karasuma sorgt dafür, dass die E-Klasse der Abschlussfeier der Kunugigaoka-Schule beiwohnt. Kurz vor deren Ende erfährt Nagisa von einem letzten Gefallen Koro-senseis.