Das Medizinstudium ist erfolgreich abgeschlossen und somit der Tag der Wahrheit gekommen - John Dorian, genannt J.D., tritt seine Stelle als Assistenzarzt im Sacred Heart Krankenhaus an. Er macht am ersten Tag die Bekanntschaft mit Dr. Kelso und Dr. Cox.

Langsam aber sicher bekommt J.D. Routine bei seiner Arbeit als Assistenzarzt. Probleme gibt es erst, als er sich um einen jungen Patienten namens Will kümmern muss, der unter ernsthaften Lungenproblemen leidet. Jeder von J.D.s Versuchen schlägt fehl.

Turk hat neuerdings nur noch Augen für Carla - eine Tatsache, die den völlig vernachlässigten J.D. schier in den Wahnsinn treibt. Als er zu allem Überfluss glaubt, einen von Turk verursachten Kunstfehler entdeckt zu haben.

J.D. und seine Freunde werden erstmals mit den negativen Seiten ihres Berufes konfrontiert und müssen hilflos mitansehen, wie Patienten sterben. So entscheidet sich zum Beispiel die betagte Mrs. Tanner, die unter schwerem Nierenversagen leidet.

J.D. hat sich inzwischen sehr gut in der Klinik eingelebt und wird nun auch langsam von den älteren Ärzten als ihresgleichen akzeptiert. Diese Entwicklung bringt jedoch unerwartete Probleme mit sich: So muss sich der junge Assistenzarzt entscheiden.

Dr. Kelso und Dr. Cox liegen sich nach wie vor in den Haaren. Als der Streit eskaliert, wird Cox kurzerhand von Kelso beurlaubt. Nun ist es am Aufsichtsrat, über die Zukunft von Cox abzustimmen. Aus diesem Grund reist Jordan Sullivan an.

J.D. ist der Held unter den Assistenzärzten: Er weiß so ziemlich alles, wird von Kollegen und Patienten geschätzt, und sogar Elliot interessiert sich für ihn! Doch dies ändert sich eines Tages, als der neue Arzt Nick anfängt.

Während einer Demo erleidet ein Kameramann einen Kreislaufzusammenbruch.

Endlich! J.D. hat seit ewigen Zeiten wieder einen freien Tag. Als er dieses freudige Ereignis auf einer Party gebührend feiern will, bricht er plötzlich beim Flirt mit der hübschen Jennifer unter Bauchkrämpfen zusammen und übergibt sich.

J.D. hat es endgültig satt, von Carla immer nur "Bambi" genannt zu werden und vom Hausmeister sogar noch schlimmere Spitznamen zu erhalten. An einem besonders stressigen Tag platzt dem Jungmediziner schließlich der Kragen.

Weihnachten im Sacred-Heart-Krankenhaus: Von Weihnachtsstimmung ist nichts zu spüren, und nicht einmal der gläubige Turk schafft es, seine Kollegen auf die Feiertage einzustimmen. Während J.D. es nicht hinkriegt, eine Geburt auf Video aufzunehmen.

J.D. hat sich verliebt - allerdings in keine ihm bekannte Frau, sondern in eine Patientin, die im Kernspin-Tomographie-Gerät liegt. Der junge Mediziner sollte sich im Auftrag von Dr. Kelso um die reizende Alex Hanson kümmern.

J.D. ist überglücklich, als Alex Hanson endlich aus dem Kernspin-Tomographie-Gerät heraus darf: Die Sozialarbeiterin ist nämlich bildhübsch. Das erste Date der beiden verläuft perfekt, das zweite allerdings weniger. J.D. vergisst die Verabredung.

Die Beziehung zwischen J.D. und Alex verläuft sehr harmonisch und entwickelt sich gut. Dass es zwischen den Turteltauben noch nicht zum Sex gekommen ist, liegt allein an ihrem stressigen Alltag. Währenddessen müht sich J.D. mit allerhand Problemfällen ab.

Es ist geschehen: J.D. und Elliot haben endlich ihre erste Liebesnacht miteinander verbracht! Als die beiden am nächsten Tag verliebt im Krankenhaus auftauchen, stellen sich jedoch nicht die gewünschten Reaktionen ein. Turk und Carla freuen sich nicht.

Es ist ein harter Schlag für J.D., als er erfährt, dass sein alter Lieblingslehrer verstorben ist. Großer Stress in der Klinik verhindert jedoch, dass der junge Arzt angemessen trauern und seinen Gefühlen freien Lauf lassen kann.

J.D., Elliot und Turk werden einige Medizinstudenten als Assistenten anvertraut - die nun das Gleiche tun müssen, wofür sie noch vor Kurzem zuständig waren. J.D. soll Josh betreuen - einen schlaksigen jungen Mann, der zwei linke Hände hat und J.D. nervt.

Seit geraumer Zeit muss sich J.D. um einen ziemlich unsympathischen neuen Patienten kümmern, dem er nach Möglichkeit am liebsten aus dem Weg geht. Bei dem Kranken handelt es sich um Mr. Aaron Simon, der sämtliche Krankenhausangestellte herumscheucht.

Elliot, Turk und J.D.'s Eltern kommen wegen einer Tagung zu Besuch.

Bei privaten Wettkämpfen gegen seinen Freund Turk zieht J.D. immer den Kürzeren. Nun ist es seinem Kontrahenten sogar gelungen, einen Patienten gegen J.D.s Bemühungen zu einer Operation zu überreden. Turk beginnt die Patienten seines Freundes abzuwerben.

J.D. verletzt sich an einer Spritze eines Patienten, der mit Hepatitis B infiziert ist. Die Blutuntersuchung ergibt, dass er sich nicht angesteckt hat, doch der Vorfall stimmt ihn nachdenklich - zumal vier Kollegen, ihn mit Schauergeschichten erschrecken.

Die Freude ist groß, als Dr. Cox' ehemaliger Schwager Ben in der Klinik auftaucht, um sich vom Ex-Mann seiner Schwester seine bei der Arbeit verletzte Hand verarzten zu lassen. Da sich die beiden Männer gut verstehen, verabreden sie sich zu einem Treffen.

Nun ist es sicher: Dr. Cox' ehemaliger Schwager Ben braucht eine Chemotherapie, weil er an Leukämie erkrankt ist. Im Krankenhaus versuchen alle Angestellten, dem jungen Mann Mut zu machen, allen voran Dr. Cox, der seinem Freund Beistand verspricht.

Kaum zu glauben, doch J.D. und seine Freunde haben tatsächlich das erste Jahr als Mediziner überstanden. Als die jungen Ärzte zusammen mit Kelso und Cox zur Feier des Tages ein paar Gläschen trinken gehen, taucht plötzlich Dr. Cox' Ex Jordan auf.