Jahrzehnte nach seiner letzten Verwandlung in Ultraman erfährt Shin Hayata von einer neuen Gefahr. Sein Sohn Shinjiro zeigt ebenfalls Anzeichen übermenschlicher Kräfte.
Shin wird bei dem Versuch, Shinjiro vor Bemlars Angriff zu retten, in seinem Anzug lebensgefährlich verletzt. Shinjiro ist verzweifelt. Kann er seinen Vater retten?
Da Bemlar anderen Außerirdischen den Weg für einen Angriff auf die Erde geebnet hat, wird Shinjiro von Edo vom SSSP gebeten, in die Rolle des Ultraman zu schlüpfen.
Shinjiro soll erneut einen feindlichen Außerirdischen vernichten. Doch als sein Zielobjekt in die Stadt flieht, sind unzählige Zivilisten in Lebensgefahr.
Als Beweise darauf hindeuten, dass Außerirdische an einer bizarren Mordserie beteiligt sind, wendet sich der SSSP-Agent Moroboshi an einen Informanten bei den Aliens.
Shinjiros Abneigung gegen das Töten brutaler Aliens bereitet dem Agenten Moroboshi große Sorgen. Shin klärt seinen Sohn darüber auf, was ein Leben als Ultraman bedeutet.
Nachdem Shinjiro zunächst geschlagen wird, aktiviert er bei einem Kampf mit einem feindlichen Alien eine verborgene Kraft. Rena bereitet sich auf ein großes Konzert vor.
Auf Renas Konzert fordert ein Alien namens Adad Ultraman zum Kampf heraus. Um dem Ganzen die Krone aufzusetzen, mischt zu allem Überfluss auch noch Bemlar mit.
Shinjiro fürchtet, dass ein Unterstufenschüler seine Tarnung auffliegen lässt. Später wird er von einem falschen Ultraman überrascht, der ihn im Kampf unterstützen will.
Seiji träumt von dem Tag, an dem Aliens auf der Erde akzeptiert werden. Um diesen Traum zu unterstützen, möchte er der SSSP-Organisation beitreten.
Seiji streitet sich mit Shinjiro und Moroboshi darüber, wie er seine Kräfte einsetzen sollte. Rena bittet Shinjiro, Ultraman eine Meldung zu überbringen.
Moroboshi, Shinjiro und die SSSP unterstützen Seiji bei dessen Mission, die Verantwortlichen der 12 Jahre zurückliegenden Flugzeugtragödie der Gerechtigkeit zuzuführen.
Das Ultraman-Trio kämpft gegen die Söldner auf verlorenem Posten. Der Kampf scheint bereits aussichtslos, als endlich Shinjiros schlummernde Kräfte erwachen.
Bei einem Treffen mit Rena wird Shinjiro plötzlich zu Hilfe gerufen, um einen wütenden Alien zu stoppen. Journalist Kotaro Higashi wird Zeuge des Vorfalls.
Kotaro versucht, mehr über die seltsamen „Zimmermädchen“ herauszufinden, die er kurz vor dem Massenverschwinden in Tokio gesehen hat. Moroboshi spricht mit Agent Adad.
Alien Pedant taucht auf und gibt der Menschheit 24 Stunden, um auf seine Forderungen zu reagieren. Taro versucht, Jack zu überzeugen, sich helfen zu lassen.
Während Jack, Taro und Seven ihrem Ziel näher kommen, wird das SSSP-Hauptquartier angegriffen. Maya trifft eine schwierige Entscheidung.
Die Zeit läuft ihnen davon und Shinjiro, Jack, Seven und Taro wollen gemeinsam die ultimative Waffe von Pedant bekämpfen: die Goldene Festung.
Jack und Taro versuchen, die Goldene Festung von innen zu zerstören. Im folgenden Kampf stellen sich Shin und Shinjiro Pedant entgegen.
Shinjiro testet einen neuen Anzug, der besser für seine sich ständig wandelnden Kräfte geeignet ist. Dieser kommt viel schneller zum Einsatz als geplant.
Shinjiro darf seinen Anzug nicht mehr tragen, kann sich allerdings nicht an den Grund erinnern. Sein Vater ist davon überzeugt, dass Ultraman verflucht ist.
Shinjiro will unbedingt etwas tun und Rache üben. Doch dann erwacht er wieder einmal ohne Erinnerung.
Die Öffentlichkeit hat sich komplett gegen Ultraman gestellt. Und dann überträgt Mephisto plötzlich auf illegalem Weg eine Nachricht an die Bevölkerung.
Ide schickt Taro und Moroboshi auf die Suche nach Shinjiro. Dieser befindet sich auf der Flucht und versteht nicht, was mit ihm geschieht.
In seinem Versteck erzählt Daisuke Arashi Shinjiro von der Vergangenheit seines Vaters. Gemeinsam wollen sie herausfinden, auf wen es Mephisto als Nächstes abgesehen hat.
Rena erhält schreckliche Nachrichten und trifft sich daraufhin mit Seiji Hokuto. Shinjiro spricht mit Daisuke über seine seltsamen Träume von Zetton.
Rena kann nicht fassen, was mit ihr geschehen ist. Also bringt Seiji sie zu dem Außerirdischen, der ihn großgezogen hat. Taro findet endlich Shinjiro.
Jack taucht auf und überrascht Taro und Shinjiro. Rena sucht nach Antworten über den Ursprung ihrer Kräfte. Die Polizei führt eine Razzia bei der SSSP durch.
Die Abneigung gegenüber Ultraman verschlimmert sich durch den Kampf gegen Mephisto. Moroboshi und Shinjiro versuchen, in die streng überwachte SSSP-Zentrale einzubrechen.
Shinjiro und Rena vertrauen sich gegenseitig Geheimnisse an. Ultraman stellt sich mit seiner Clique einem mächtigen Gegner aus der Vergangenheit.
Shinjiro gerät im Kampf gegen Zetton in Schwierigkeiten. Doch die anderen sind mit aller Macht zur Stelle. Für die SSSP beginnt ein neues Kapitel.