Agent Makoto Midorikawa kann die Erinnerungen sämtlicher Objekte sehen, die er berührt. Nun soll er den Ort einer rätselhaften Gasexplosion untersuchen.
Agent Jack Norman aus der Widerstandsbewegung nimmt mithilfe seiner besonderen sensorischen Fähigkeiten die Spur der ehemaligen XM-Forscherin Sarah Coppola auf.
Sarah und Makoto machen sich auf zum Hulong-Geheimlabor in den Wäldern von Kyoto. Doch Lius Sicherheitskräfte und Jack stellen sich ihnen in den Weg.
Den Sicherheitskräften unterlegen gibt Sarah auf, um Makotos Leben zu retten. Kurz darauf wird sie jedoch von Liu aufs Kreuz gelegt.
Um Sarah vor Hulong zu retten, fliegen Makoto und Jack Norman mit gefälschten Pässen, die sie von Profi-Fälscher Zion haben, in die Schweiz.
Während Hulong-Wissenschaftler die Auswirkungen der fiktiven Energie auf Sarahs Körper testen, kann sie dank ihrer Fähigkeiten über die Portale mit Makoto sprechen.
Mithilfe von Wächtern einer uralten heiligen Stätte und seinen Kräften sucht Makoto nach einem Fluchtweg, während ihnen Kopfgeldjäger dicht auf den Fersen sind.
Auf dem Weg zu Sarahs Rettung im CERN werden Makoto und Jack von „ADA“ kontaktiert, dem KI-Programm, das ursprünglich zur Analyse komplexer XM-Daten entwickelt wurde.
Als Jacks Körper allmählich versagt, enthüllt Liu, wie weit Christopher Brandt gegangen ist, um sich die teuflischen Kräfte der dunklen XM zunutze zu machen.
Das gesamte XM-Netzwerk wird von roten Portalen überschwemmt. Träger von Brillen mit dunkler XM brechen nach und nach unter höllischen Schmerzen zusammen.
Der teuflische Plan des wahren Drahtziehers ist seiner Vollendung einen Schritt näher. Makoto tritt Liu gegenüber, der fest entschlossen ist, sein Werk zu beenden.