Sieben Jahre, nachdem ihn eine rätselhafte Frau namens Milo rettete, wartet Daisuke noch immer darauf, dass die Katastrophe über ihn hereinbricht. Nun ist sie da.
Obwohl sie ihn nicht kennt, engagiert Milo Daisuke für den Kampf gegen den Angriff der Cyborgs auf die Schule. Beamte aus Shibuya versuchen, der Lage Herr zu werden.
Im Jahr 2388 wütet eine Pandemie auf der Erde. Milo erzählt Daisuke und dessen Freunden, was sie über die Vergangenheit weiß. Doch Schwierigkeiten sind vorprogrammiert.
Muta lässt verkünden, dass die Cyborgs für eine Gegenleistung manche Menschen ins Jahr 2017 zurückversetzen wollen. Niedergeschlagen steht Daisuke einem Cyborg gegenüber.
Muta ist im Gefängnis und die Polizei hat das Sagen. Doch das Training geht weiter. Daisuke hält sich für den Anführer. Kuroiwa will, dass Gai diese Position übernimmt.
Marimari stellt Milo nach der gescheiterten Geburtstagsparty zur Rede und will die Wahrheit über die Cyborgs erfahren. Daisukes Onkel flieht aus der U-Haft.
Während Daisuke in Gefangenschaft ist, stellen Kuroiwa und die anderen Nachforschungen über die Revisions und das Wissen des AHRV an. Milo schwört, sie können heimkehren.
Daisuke und das Team wollen die Geiseln retten und das künstliche Quantenhirn vernichten. Doch die Revisions warten bereits auf sie.
Nach Keisakus Maßnahmen stellen sich die überlebenden Revisions neu auf. Mutas Gefolgsleute nutzen das Chaos des S.D.S. aus, um zur Tat zu schreiten.
Milo lässt alle wissen, dass ihre Reise ins Jahr 2010 kurz bevorsteht. Vorher muss sie am Bahnhof von Shibuya jedoch noch einen Kampf gegen Mukyu bestreiten.
In einer Nachricht von Milo erfährt das Team die Wahrheit über den AHRV. Den Marionetten ist die Energie ausgegangen und auch Shibuyas Hoffnung schwindet.
Die Bewohner von Shibuya freuen sich über den Erfolg, doch dieser hat seinen Preis. Nicholas reist in die Vergangenheit und steht mit Milo im Jahr 2010 Daisuke gegenüber.