Die Schülerin Yukina besucht das Kurobe-Forschungsinstitut, als es plötzlich angegriffen wird. Auf ihrer Flucht berührt sie einen geheimnisvollen Würfel.
Aus dem Würfel kommt Kennosuke Tokisada Ouma. Er versucht, Yukina zu retten, wird jedoch bewusstlos geschlagen. Ein weiterer Geoframe taucht aus der Toyama Bay auf.
Kennosuke ist mit Yukina an seiner Seite zwar siegreich, doch der Feind kann entkommen. Nachdem er gefasst wird, entkommt er erneut und macht Koharu ausfindig.
Nachdem er das Ausmaß seines Schlummers bemerkt, wird Kennosuke von Yukinas Onkel angeboten, bei ihrer Familie zu wohnen. Doch die moderne Welt verwirrt ihn noch.
Yukina kehrt zur Schule zurück und hofft, dass alles wieder seinen normalen Gang gehen wird. Doch als sie den neuen Transferschüler sieht, ist sie entsetzt.
Ken und Yukina nehmen erneut den Kampf mit Yellow Crab auf. Ihre Klassenkameraden Akagi und Kayahara nähern sich den Behörden zum Trotz der Kampfeszone.
Nach dem Selbstmord des „Yellow Crab“-Piloten verlässt Yukina ihr Kampfeswille. In der Schule erfährt sie, dass Akagi und Kayahara noch immer vermisst werden.
Yukina verlässt wegen der durch die Forderungen der Eindringlinge verursachten Spannungen ihr Zuhause. Kennosuke begibt sich auf die Suche, ist jedoch völlig ahnungslos.
Eine riesiger feindlicher Geoframe taucht auf, der ohne Yukina jedoch unbesiegbar ist. Ken, Akagi und Kayahara setzen ihre Suche fort.
Der dingfest gemachte Pilot wird im Forschungszentrum verhört. Er sei gekommen, um einen bestimmten Gegenstand zu suchen. Ken scheint ihn zu kennen.
Der feindliche Pilot kann unerwartet entkommen und seinen Geoframe wiederherstellen. Yukina hat eine unerwartete Begegnung.
Die Sommerferien haben begonnen und das bedeutet mehr Training für Ken und Yukina, die größere Fortschritte als erwartet macht. Akagi will ein Pilot werden.
Kens Kuromukuro und die GAUS kämpfen zusammen, um einen riesigen Geoframe in die Flucht zu schlagen. Indes sorgen Kayaharas Pläne für ein Kulturfestival für Aufregung.
Kennosuke wurde von einer Frau – dem Ebenbild seiner Prinzessin – angegriffen. Bevor sie ihn töten kann, springt ihm jedoch eine geheimnisvolle Gestalt zur Seite.
Die örtliche Bevölkerung beginnt mit der Evakuierung der Region und die Schüler wechseln die Schule. Carlos weiß nicht so recht, wie er mit seiner Situation umgehen soll.
Ken ist von Sophies Testergebnissen schwer beeindruckt. Kurz darauf erfährt er, dass ihre Eltern sie aus Japan fortschicken wollen.
Graham ordnet eine umfassende Suche an, um die zwei vermissten feindlichen Piloten zu finden. Das Efidolg-Mutterschiff entsendet derweil einen weiteren Geoframe.
Yukina und Ken, der noch zögert, empfangen ihre Gehälter und beschließen, gemeinsam zu den heißen Quellen zu fahren. Bald spricht die ganze Schule von ihrem Vorhaben.
Im Forschungsinstitut breitet sich nach Yukinas Verschwinden Panik aus. Dr. Hausen macht eine überraschende Entdeckung. Sophie erhält indes eine rätselhafte Botschaft.
Ken ist auf dem Weg, doch Yukina plant bereits ihre Flucht. Dabei trifft sie auf Mirasa, die zum Angriff übergeht. Sophie erfährt derweil mehr über den Feind.
Ken und Yukina sind unbeschadet zurückgekehrt. Zum Feiern ist jedoch keine Zeit, als das Forschungszentrum erfährt, dass das feindliche Mutterschiff bald landen wird.
Das Forschungszentrum wird von feindlichen Kräften versperrt. Zu Hause erfahren Yukina und die anderen von den Efidolg und Yukinas vermisstem Vater Takehito.
Ken und Yukina bringen Muetta in die Schule, was unter den wenigen verbleibenden Schülern für Aufruhr sorgt. Carlos verkündet die Vollendung seines Drehbuches.
Auf Wahrheitssuche wendet sich Muetta gegen ihre einstigen Kameraden. Alle bereiten sich auf die Entscheidungsschlacht vor.
Ken und Zeru erfahren schockiert von einer Macht, die dem Feind standhalten kann. Die Schüler haben genug vom Warten auf Yukina und die Rückkehr der anderen.
Im Kampf gegen die Efidolg kommen die Charaktere ihren Zielen allmählich näher. Kennosuke gelangt auf den richtigen Weg.