Acht Monate nach dem plötzlichen Tod seiner Mutter, einer Astronautin, nimmt Alex an den schwierigen Aufnahmetests der renommierten Highschool teil, an der auch sie war.
Für ihre erste Herausforderung müssen die Eagles und Ravens ein Rätsel lösen. Alex distanziert sich von seiner älteren Schwester, um von seinem Team akzeptiert zu werden.
Die Eagles setzen Alex unter Druck, damit er ihnen bei einer Revanche gegen die Ravens hilft. FBI-Agenten suchen nach einer Waffe, die scheinbar ein Schüler genommen hat.
Brooke beobachtet ihren Freund Daniel am Strand, der sich verdächtig benimmt. Jackie lernt Max von seiner netten Seite kennen, als er ihr bei den Hausaufgaben hilft.
Das von Daniel gehütete Geheimnis wird auf dramatische Weise enthüllt. Schachgenie Max trifft auf einen Ebenbürtigen. Hayley und Leos Freundschaft nimmt eine Wende.
Hayley ist verärgert, weil Leo nicht mit ihr darüber reden will, was zwischen ihnen vorgefallen ist. Max versucht, seinen Schwarm Emma im Sportunterricht zu beeindrucken.
Die zwei Kandidaten für den Teamleiter der Eagles messen sich in einer Debatte. Im Unterricht diskutieren die Schüler über ein hypothetisches moralisches Dilemma.
Jackie hilft Max, als dieser Emma um ein Date bitten möchte. Jason wird mit einer wichtigen, aber gefährlichen Mission für den Satellitenstart beauftragt.
Brookes Ermittlungen bringen sie in Gefahr und führen zu einer Entdeckung. Als die Eagle-Jungs ihre muffige Umkleidekabine aufräumen, wird ein Geheimnis enthüllt.
Beim Erntedankfest der Schule eifern die Eagles und Ravens darum, welches Team durch den Verkauf von Cupcakes mehr Stipendiengelder verdienen kann.
Ryans Brief enthüllt ein Geheimnis, das sie jahrelang vor ihrem Ehemann verbarg. Als Emma Max eine Absage erteilt, geht er stattdessen mit Jackie auf die Halloween-Party.
Hayley erfährt, wer Leos Überraschungsgast ist. Emma muss sich den Konsequenzen für ihren Anruf bei der NASA stellen. Der eifersüchtige Daniel explodiert beim Schultanz.
Rückblenden enthüllen eine Entdeckung, die Ryan in der Greenhouse gemacht hat, und einen Befehl kurz vor dem Launch der Athena. Brooke tappt in eine Falle.
Während eines Quizspiels geht Besserwisserin Aspen Hayley auf die Nerven und Brooke hat eine merkwürdige Erinnerungslücke. Max vermisst Emma und versucht, sie anzurufen.
Aspen wird von ihrer Eifersucht übermannt und wird von Leo um ein Gespräch gebeten. Judy und Marcus verursachen ein Testbeben – mit überraschenden Ergebnissen.
Hayley hat ein Unterwassererlebnis, das ihre Denkweise über ihre Mutter verändert. Parker sieht das Ende der Welt kommen und macht ein Geständnis.
Sophie wird von den Eagles gemieden – mit einer Ausnahme. Daniel hat allmählich eine Ahnung, unter wessen Einfluss Brooke in letzter Zeit steht.
Daniel erwischt seine Mutter beim Lügen und vergleicht seine Notizen mit Hayley. Leo ist von Aspens Ausrutscher schockiert. Jackie wird ein Geständnis abgeluchst.
Hayley und Daniel versuchen, Brooke aus der Hypnose zu erwecken. Max und Jackie erkennen bei all den merkwürdigen Ereignissen mit Emma allmählich ein Muster.
Brooke erzählt Daniel und Hayley, woran sie sich vor der Hypnose als Letztes erinnert. Marcus' Entscheidung macht Louis sprachlos und Judy sehr wütend.
Leo erwacht in der Höhle. Beim Abendessen mit ihren Eltern versuchen Brooke und Daniel, Jason Emmas weiße Springer-Schachfiguren wieder abzuluchsen.
Hayley überbringt ihrem Bruder und Freunden Neuigkeiten, doch man ist sich uneinig, was zu tun ist. Max und Jackie werden bei dem Versuch erwischt, Emma zu kontaktieren.
Während Daniel und Alex bei einem Basketballspiel auf Zeit spielen, schleicht sich Hayley in die Höhle und Max erhält überraschend Unterstützung.
Die Zeit drängt, da eine Bombe die Höhle und den Rest der Greenhouse zu zerstören droht. Die Studenten müssen für ihren Rettungsversuch zunächst die Polizei austricksen.
Da sich die Eagles und Ravens allmählich anfreunden, schickt sie der Rektor auf einen zermürbenden zweitägigen Marsch, um den Wettbewerbsgeist neu zu entfachen.
Die Folgen der Wanderung sind sowohl innerhalb als auch außerhalb der Schulmauern zu spüren und werfen schwierige Fragen auf. Nun steht eine heikle Entscheidung an.
Brooke ist während eines Umbruchs in Greenhouse bemüht, ein Geheimnis vor Alex zu verbergen. Sophies ehemalige Entscheidungen gefährden ihren Status in der Schule.
Eine düstere Intrige gegen die Schule ist im Gange. Hayley verfolgt zu Leos Unmut einen neuen Lebensstil. Brooke streitet sich mit Alex über ihren Bruder.
Ein bemerkenswertes Geschenk von Ryan gibt den Ravens neuen Auftrieb. Becca überschüttet Leo mit Aufmerksamkeit. Brooke fällt eine impulsive und ungünstige Entscheidung.
Die Eagles und die Ravens wollen auf einer riskanten Mission gemeinsam einen wertvollen Magnetit finden. Brooke ist entmutigt und sehnt sich nach einem Neuanfang.
Während die Eagles und die Ravens im Schnappt-die-Fahne-Wettbewerb gegeneinander antreten, erhält Enzo ein rätselhaftes Angebot, das zu lukrativ ist, um es abzulehnen.
Mit ihrer Entschlossenheit, dem nervigen Piepen auf den Grund zu gehen, tritt Hailey ungewollt eine Reihe tödlicher Ereignisse los.
Die Akademie wird von einer Explosion erschüttert. Eine eingeschlossene Schülerin hofft auf Befreiung. Ihr Mitschüler hingegen wird von einem rätselhaften Virus bedroht.
Hayley ist zur Rettung ihres Mitschülers auch zu gewissen Risiken bereit. Die Eagles und Ravens haben eine Theorie über das rätselhafte Virus.
Die Verschlechterung von Leos Zustand sorgt für Spannungen zwischen Hayley und Daniel. Die FBI-Ermittlungen haben gleich mehrere einschneidende Enthüllungen zur Folge.
Vertrauliche Nachrichten schüren Beccas und Daniels Eifersucht. Eine Planänderung stellt für einen rätselhaften Feind ein ernsthaftes Problem dar.
Der rätselhafte Feind bringt einen düsteren Plan ins Rollen. Sophie nimmt eine fragwürdige Entwicklung unter die Lupe, während Daniel ein Geständnis in Betracht zieht.
Die Eagles und die Ravens untersuchen Beweise für einen Anschlag. Eine verdächtige SMS von Leo fördert eine schockierende Entdeckung zutage.
Hayley, Daniel und Leo nähern sich der Wahrheit über das rätselhafte Virus. Dabei kommen auch ihre wahren Gefühle füreinander ans Tageslicht.
Angesichts eines grauenhaften Ultimatums des rätselhaften Feindes läuft die Zeit ab. Um die Welt zu retten, müssen die Eagles und die Ravens nun zügig handeln.