Nach einem erneuten Versuch, den Gigas Cedar zu fällen, begleiten Kirito und Eugeo ihre Freundin Alice auf eine lebensverändernde Reise zu einer nahe gelegenen Höhle.
Kirito erwacht in einer ungewöhnlichen Umgebung – einem Spiel, das er scheinbar nicht verlassen kann. Dort trifft er auf einen gleichaltrigen Jungen namens Eugeo.
Kirito muss den Dämonenbaum ein für alle Mal vernichten, damit er mit Eugeo in die große Stadt reisen kann. Er findet ein Schwert, das die Lösung sein könnte.
Kirito kämpft gegen die Goblins, doch ihr Anführer ist zu stark. Eugeo muss seine Angst überwinden und ihm helfen, bevor es zu spät ist.
Um Kirito steht es schlecht. Also wird er von Kikuoka in ein anderes Krankenhaus verlegt. Doch als Asuna und Suguha ihn besuchen wollen, verwehrt man ihnen den Zutritt.
Asuna und Rinko verlangen Antworten von Kikuoka. Dieser enthüllt das wahre Ziel des Experiments der Underworld und die Gründe für Kiritos Beteiligung.
Zwei Jahre sind vergangen. Kirito und Eugeo werden nun an einer Schwertkunstakademie ausgebildet. Doch einige ältere Schüler machen ihnen das Leben schwer.
Sortiliena macht Kirito darauf aufmerksam, dass Volo mit seinem Live-Duell versteckte Absichten verfolgt. Kirito muss feststellen, dass seine Blumen zerstört wurden.
Auch nach seinem Aufstieg sucht Eugeo noch immer nach Möglichkeiten, seine Kampfstärke zu maximieren. Ihm bietet sich eine Chance in Gestalt des Musterschülers Humbert.
Während Kirito nach Ronye und Tiese sucht, erhält Eugeo beunruhigende Neuigkeiten von Frenica und beschließt, die Dinge selbst in die Hand zu nehmen.
Eugeo erkennt die Ritterin, die ihn in Gewahrsam nimmt. Doch sie scheint ihn nicht zu kennen. In der echten Welt erscheint indes ein kurioser Roboter.
Eugeo und Kirito nehmen es mit Eldrie – dem Ritter der Integrität – auf, der ihnen irgendwie bekannt vorkommt. Eugeo will seine Kenntnis der realen Welt für sich nutzen.
Kiritos Retterin enthüllt den Hintergrund zwischen ihr und Administrator und verrät, wie er und Eugeo als ihre Komplizen Alices Erinnerungen zurückerlangen können.
Kirito und Eugeo entdecken ihre gestohlenen Schwerter im Waffenlager. Doch zum Feiern bleibt keine Zeit: Deusolbert, der Ritter der Integrität, ist im Anmarsch.
Eugeo und Kirito stoßen in der Central Cathedral auf zwei kleine Mädchen. Doch die beiden sind nicht so unschuldig, wie sie erscheinen.
Nach dem Kampf sorgt sich Kirito weitaus mehr um Fanatio als um sich selbst und tut alles in seiner Macht Stehende, um sie zu retten.
Kirito und Alice geraten in eine prekäre Lage. Während er sie zur Kooperation bewegen möchte, sieht sie ihn lediglich als einen Verbrecher.
Der Integrationsritter Bercouli gelobt, Eugeo nicht gleich beim ersten Gefecht zu töten. Doch als Eugeo erneut angreift, gilt das Versprechen nicht mehr.
Alice ist bereit, Kirito anzuhören. Doch es fällt ihr schwer, seinen Worten Glauben zu schenken. Eugeo erwacht indes im 100. Stockwerk.
Alice ist nun wach und erwähnt einen Umweg zu einem Bad im 90. Stockwerk. Bald sehen sie und Kirito auch Bercouli wieder, der jedoch versteinert wurde.
Alice muss zusehen, wie ihre Kindheitsfreunde sich gegenseitig bekämpfen. Kirito tut sein Bestes, um zum wahren Eugeo durchzudringen. Doch der Kampf endet unerwartet.
Da der Kampf gegen Chudelkin nicht gut läuft, beschließt Kirito einen Taktikwechsel. Der Administrator erfährt etwas Wichtiges über ihn.
Nach Hunderten von Jahren kehrt der Cardinal zurück, um die Dinge ein für alle Mal zu beenden. Der Administrator enthüllt eine schockierende Wahrheit über den Golem.
Da Eugeo und Alice außer Gefecht sind, muss Kirito dem übermächtigen Administrator allein die Stirn bieten. Er sollte sich auf eine Überraschung gefasst machen.
Trotz schwieriger Monate hat Alice sich eine friedliche Existenz mit Kirito auf dem Land aufgebaut, doch ein Gast bedroht ihr neues, ruhiges Leben.
Rulid wird durch einen Großangriff von Goblins und Orcs bedroht. Alice fliegt herbei, um das Dorf zu retten, muss aber schon bald eine schmerzliche Entscheidung treffen.
Die solide Cyberverteidigung des Schiffes stoppt die Invasoren, bis ihr Anführer Gabriel seine Aufmerksamkeit auf Underworld und ein Mädchen namens Alice richtet.
Gabriel befehligt jetzt die Armee des Dark Territory und bereitet sich auf den Krieg gegen das Human Empire vor. Der echte Vecta wird inzwischen von allen Seiten bedroht.
Alice und Kirito stoßen zur Armee, er ist aber immer noch nicht fit und das Osttor kann angesichts der riesigen Überzahl ihrer Feinde nicht mehr lange gehalten werden.
Das Tor fällt und die Dark-Territory-Armee versucht mit allen Mitteln, ins Human Empire einzufallen. Dabei überwindet sie nach und nach ihre besser organisierten Gegner.
Renly ergreift während der Schlacht die Flucht und findet Ronie und Tiese sowie eine Chance, sich zu bewähren. Alice arbeitet unterdessen weiter an der Laserbombe.
Die Laserbombe richtet beim Feind massiven Schaden an. Alice findet einen hochrangigen Überlebenden. Die Human-Empire-Armee versucht, Vecta abzulenken.
Vecta befiehlt seinen Truppen, Alice zu verfolgen. Es kommt zum Kampf zwischen einer Kämpferin, die jede Abwehr durchdringen kann, und einem unverwundbaren Kämpfer.
Als übermächtige Göttin Stacia stabilisiert Asuna die Lage und trifft Kirito wieder. Nachdem Alice sie zusammen ertappt, gibt es Probleme.
Die Ablenktruppe entdeckt, dass Vecta seine Armee über die Schlucht sendet. Critter nutzt Täuschung, um amerikanische Rekruten zu mobilisieren.
Asuna versucht verzweifelt, inmitten des Massakers und Chaos auf beiden Seiten die US-Spieler zu stoppen. Vecta bereitet sich auf die Gefangennahme seines Zielobjekts vor.
Sinon meldet sich beim Solus-Super-Account an und wird mit Asuna und Kirito vereint. Später vereinbart Leafa mit Orcanführer Lilpilin ihre Gefangennahme.
Immer mehr Freunde Asunas kommen und sie bereitet sich vor, die ausländischen Spieler abzuwehren. Higa hat eine Idee, wie Kirito geholfen werden kann, braucht aber Hilfe.
Sinon informiert die verzweifelte Alice darüber, dass sie nach Süden zum World End’s Altar muss. In der Zwischenzeit bemerkt Asuna oben eine zwielichtige Gestalt.
Higa muss sich anhören, wie Yanai einige Dinge loswerden muss. Unterdessen hat Sinon Probleme, mit Subtilizer in Underworld fertigzuwerden.
Der wehrlose Kirito hat den sicheren Tod durch Vassago vor Augen, wird aber in letzter Minute von einem unerwarteten Duo gerettet.
Während Kirito sich seinen schmerzlichen Erinnerungen stellt, kreuzt Asuna Klingen mit Vassago, der erklärt, warum er so vom Schwarzen Schwertkämpfer besessen ist.
Mit dem Schwert des Nachthimmels und dem zerbrochenen Schwert der blauen Rose kämpft Kirito gegen Vassagos schreckliche Hiebe an. Ihm wird aber schon bald geholfen.
Asuna und Alice eilen zum World's End Altar, bevor er geschlossen wird. Kirito bleibt zurück, um gegen Gabriel zu kämpfen und den Mädchen den Weg freizuhalten.
Asuna vertraut Alice Rinko an und bleibt in Underworld. Higa und Kikuoka müssen schnell vorgehen, um die maximale Beschleunigung zu beenden.
Rinko hält eine Pressekonferenz ab, um die erste wirklich künstliche Intelligenz vorzustellen. Alice beantwortet schlau alle schwierigen Fragen der Reporter.
Als Kazuto hört, dass Alice verschwunden ist, eilt er aus dem Haus, wird aber durch eine unerwartete Lieferung aufgehalten: ein großes Paket mit überraschendem Inhalt.