Rebecca Bluegarden besucht das nahezu verlassene Königreich Granbell. Dort begegnet sie dem einzigen menschlichen Bewohner Shiki, der ihr Freund werden möchte.
Auf ihrem Weg nach Blue Garden ermutigt Rebecca Shiki dazu, sich als Abenteurer zu registrieren. Außerdem bittet sie ihn, sie und Happy als Leibwächter zu beschützen.
Shiki verliert die Fassung, als die berühmte B-Cuberin Labilia sich über Rebeccas schwächeren B-Cube-Kanal lustig macht. Dann bekommt er seine offizielle Abenteurerkarte.
Auf dem Planeten Norma, der 50 Jahre in der Vergangenheit steckt, begegnen Happy und Rebecca dem jungen Professor Weisz, der Happy vor langer Zeit das Leben gerettet hat.
Shiki und Freunde brechen in Sibirs Versteck ein, um Pino zurückzubekommen, aber Weisz nutzt das Chaos, um sich Pino selbst zu schnappen.
Während Shiki und das Team Probleme haben, auf Aqua Wing Norma hinter sich zu lassen, taucht plötzlich Weisz auf und bietet seine Hilfe an. Er fordert dafür aber etwas.
An Bord des Piratenschiffs Skull Fairy macht sich Shiki auf den Weg zur Brücke, um mit Elsie Crimson um das Schiff zu kämpfen.
Witch informiert Shiki, dass er jetzt der neue Herr von Edens Zero ist. Sie erklärt auch, dass das Schiff noch nicht zu vollen Kräften zurückgekehrt ist.
Während Shiki und die anderen zu Rebeccas Rettung eilen, kehrt Weisz mit einer Frau namens Homura auf die Edens Zero zurück.
Homura verteidigt sich mit ihren Soul-Blade-Kräften gegen die Männer von Sister Ivry. Rebecca plant indes die Flucht aus dem Illega-Turm.
Während sich der Zeitschlund dem Planeten Guilst nähert, muss Shiki schockiert mitansehen, wie Sister Ivry Jinn als Schild benutzt. Dann taucht eine weitere Sister auf.
Witch und Sister Ivry sehen sich endlich wieder und Homura enthüllt die wahren Gründe, aus denen sie an Bord der Edens Zero gekommen ist.
Der Anblick Hermits auf dem Iron Hill lässt die Gruppe vermuten, dass sie als Folge ihres gebrochenen Herzens in einen ungewöhnlichen Schlafmodus gerutscht ist.
Auf der Suche nach Hermit betritt die Crew den virtuellen Planeten Digitalis. Doch als sie sie endlich finden, weigert sie sich stur, auf die Edens Zero zurückzukehren.
Homura verkündet, dass sie Drakken Joe beitreten werde. Shiki und die Crew sind schockiert, als plötzlich ein weiterer Homura auftaucht.
Spider hackt sich in das System der Edens Zero, um das Schiff von innen zu zerstören. Die einzige Person, die ihn jetzt noch aufhalten kann, ist Hermit.
Auf der Suche nach dem vierten Mitglied der Vier Funkelnden Sterne des Dämonenkönigs macht sich Shiki mit der Crew auf zum Planeten der Zeit – Mildian.
Im Kolosseum lässt Xiaomei Shiki und Co. wissen, dass sie ihnen die gewünschten Informationen nur dann geben wird, wenn sie ihre Gegner ausschalten.
Nachdem sie von Xiaomei die Informationen bekommt, die sie brauchte, nimmt die Besatzung der Edens Zero Kurs auf Sun Jewel, um Homura mit ihrer Meisterin zu vereinen.
Shiki und Homura finden sich in einem Arbeitsviertel wieder, wo sie für eine Gestalt namens Madame Kurenai wertvolle Steine sammeln müssen.
Nino führt Rebecca, Pino und Happy in das Arbeitsviertel, wo sie auf einen Mann namens Paul treffen, der behauptet, Valkyries Anhänger zu sein.
Valkyrie nahm einst Homura auf dem vom Krieg zerrütteten Planeten unter ihre Fittiche und zog sie wie ihr eigenes Kind auf.
Shiki und die anderen stellen Madame Kurenai zur Rede. Homura ist von Trauer überwältigt, als sie Valkyrie sieht. Drakken Joe hackt sich indes in das Oculus Kurenai ein.
Dank Weisz’ Arsenal ist Baku schnell überwältigt. Während Shiki gegen Knight Gear kämpft, der von Madame Kurenai gesteuert wird, nimmt es Rebecca mit Nino auf.
Nachdem der Kampf zwischen Kurenai Dragoon und Shiki beendet ist, kehren Shiki und die anderen mit schlechten Neuigkeiten zur Edens Zero zurück.