Bei ihrer Jagd durch das All nach einem Drogenbaron und seiner Freundin stoßen Spike Spiegel und sein Partner Jet Black auf unerwartete Schwierigkeiten.
Spike und Jet verfolgen einen Hundedieb zum Mars. Während sie Jagd auf den gerissenen Gauner machen, schließen sie eine neue Freundschaft.
Spike und Jet sind knapp bei Kasse und gehen ins Casino. Dort treffen sie auf eine hübsche Zockerin, die auf der Flucht ist und sich mit den beiden aus dem Staub macht.
Spike und Jet wollen die Anführerin einer Gruppe Ökoterroristen fangen. Faye findet derweil in den Trümmern eines verlassenen Raumschiffes einen seltsamen Koffer.
Als Spike die Belohnung für das Erfassen eines hochrangigen Mitglieds des Verbrechersyndikats Roter Drache einstreichen will, trifft er auf einen alten Feind.
Spike und Jet jagen einen Verbrecher, der einen Meteoritensplitter aus einem Labor gestohlen haben soll. Sein kindliches Aussehen täuscht jedoch über sein Alter hinweg.
Bei der Verfolgung eines gefährlichen Sprengstoffexperten begegnet Spike einer Frachterpilotin, die trotz ihrer Abneigung gegenüber Kopfgeldjägern zur Freundin wird.
Auf der Jagd nach einem Schurken auf der Venus trifft Spike einen Jungen, der vor dem Gangster auf der Flucht ist und von dem Kopfgeldjäger lernen will.
Unterstützt von einer Hackerin suchen die Kopfgeldjäger nach dem Schuldigen, der die Erdoberfläche zerstört, und stoßen auf eine künstliche Intelligenz mit Gefühlen.
Ein alter Freund aus ISSP-Tagen berichtet Jet, wo er seine ehemalige Freundin antreffen kann, woraufhin er unbedingt herausfinden will, weshalb sie ihn verlassen hat.
Während die Bebop gemächlich auf den Asteroidengürtel zusteuert, wird das Schiff plötzlich von einer mysteriösen Kreatur angegriffen, die die halbe Besatzung infiziert.
Mit Jet auf den Fersen leert Faye den Safe der Crew und flieht nach Callisto. Spike verfolgt Julias Spur, was zu einer weiteren Begegnung mit Vicious führt.
Faye erhält Unterstützung von einem Mann, der von Vicious betrogen wurde. Als er und Spike gleichzeitig auf den Gejagten treffen, kommt es zwischen den Dreien zum Kampf.
Während Spike und sein Team den Kopf hinter einer Reihe von Diebstählen schnappen wollen, kommen sie der Wahrheit über die Zerstörung der Erde näher.
In einem melancholischen Augenblick erinnert sich Faye an ihre Vergangenheit … und trifft auf einen Mann, der der Schlüssel zu ihrer Herkunft und ihren Schulden ist.
Als Gefangene einen Transporter übernehmen, wird Jet zu Hilfe gerufen. Dort sieht er sich dem Killer des Syndikats gegenüber, der ihn seinen Arm gekostet hat.
Als die Nahrungsvorräte auf der Bebop zur Neige gehen, begeben sich Ed und Ein auf die Suche nach Essbarem, nur um versehentlich halluzinogene Pilze mitzubringen.
Während Faye ihr Geld auf der Pferderennbahn verspielt, kommt im Schiff ein Paket für sie an. Als Spike und Jet es auspacken, finden sie ein Video.
Nachdem sein Schiff bei einer Mission beschädigt wurde, lässt es Spike auf der Erde reparieren. Jet und Faye schlagen sich inzwischen mit Piraten herum.
Spike wird Zeuge eines Mordes und damit zum Ziel eines psychopathischen Serienkillers, der seine Rechnung mit ihm in einem verlassenen Vergnügungspark begleichen will.
Eine mysteriöse Nachricht bringt Jet auf eine Spur, die ihn zum Grab eines Freundes führt – und zu dessen Tochter, die mit Jets Hilfe seinem Verschwinden nachgehen will.
Spike will einen Terroristen schnappen, der Sprengstoff in Teddys versteckt, trifft aber auf einen weiteren Kopfgeldjäger, dessen Gemeinsamkeiten ihn einfach nur nerven.
Faye schleicht sich verdeckt in einen Kult ein, der davon überzeugt ist, Unsterblichkeit zu erreichen, indem die Seele digitalisiert und ins Internet hochgeladen wird.
Ein altes Video veranlasst Faye in ihrer Vergangenheit herumzustöbern und führt sie und Ed zu einem Waisenhaus. Jet und Spike hoffen auf einen großen Zahltag.
Jet und Spike wollen ihre Sorgen in Alkohol ertränken. Sie wissen noch nicht, dass das Syndikat Roter Drache befohlen hat, alle ehemaligen Mitglieder umzubringen.
Wieder mit Julia vereint, plant Spike die Flucht vor dem Syndikat, das nun von Vicious angeführt wird – doch das Schicksal hat bereits über Spikes Weg entschieden.