Megatron glaubt, der Allspark sei zerstört worden, und plant dem sterbenden Planeten zu entfliehen – doch der Preis ist hoch. Elita will einige Gefangene befreien.
Als Söldner verdingte Transformer finden die im All treibende Arche. Als Verbündete die gefangenen Autobots befreien wollen, enthüllt Megatron Projekt Nemesis.
Die Autobots spüren den Allspark auf, doch eine verlassene Raumstation und deren einziger Bewohner versperren ihnen den Weg. Die Decepticons holen die Arche ein.
Für Megatron geht es um Leben und Tod. Während die Autobots und die Decepticons gemeinsam gegen Scorponok kämpfen, versucht Starscream die Macht zu ergreifen.
Optimus begegnet jemand Unerwartetem, der ihm eine mögliche Zukunft aufzeigt. Megatron trifft ein Wesen, das ihm sagt, was er Optimus nehmen muss.
Über dem Planeten, auf dem der Allspark verborgen liegt, bekämpfen sich die Autobots und die Decepticons, während Deseeus naht, um sich an ihnen allen zu rächen.